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​El Artículo 4, S​ección 4, inciso (2f) de la Ley Núm. 8-2017, según enmendada, conocida como "Ley para la Administración y Transformación de los Recursos Humanos en el Gobierno de Puerto Rico" le impone a la OATRH la facultad y el deber expreso de realizar auditorías a los programas de recursos humanos de las agencias y municipios. Las auditorias tienen como propósito fundamental la eficiencia, eficacia y transparencia en el ejercicio de las funciones de las entidades que conforman las estructuras del gobierno. El Área de Evaluación y Cumplimiento del Programa de Administración de Recursos Humanos fue creada en la OATRH en junio de 2013. Dicha área desarrolló e implementó un plan de seguimiento sobre el funcionamiento del Sistema de Recursos Humanos, aplicación del Principio de Mérito y los métodos de retribución implementados por los Administradores Individuales y los municipios. Asimismo, mediante Acuerdo de Colaboración otorgado en el año 2013, entre la Oficina del Contralor y la OATRH, ambas partes colaboran entre sí con respecto a las auditorias que se lleven a cabo en el área de recursos humanos de las agencias, corporaciones públicas, municipios o instrumentalidades del Gobierno de Puerto Rico.
 
Además de constituir una herramienta útil para velar y dar seguimiento al buen funcionamiento y óptima administración de los programas de recursos humanos por las Autoridades Nominadoras, la facultad legal y el deber del Área de Evaluación y Cumplimiento del Programa de Administración de Recursos Humanos de evaluar y fiscalizar las transacciones de recursos humanos ha de tener un evidente efecto de disuasivo y en la marcha, provocará la toma de conciencia, corrección y rectificación de acciones y prácticas indebidas en protección del Principio de Mérito y de la integridad del Servicio Público. Tanto más considerando que la OATRH tiene a su vez la responsabilidad de informar periódicamente sobre los resultados de sus auditorías no sólo la Autoridad Nominadora concernida sino al Gobernador, a la Oficina del Contralor, en el caso de los municipios, a la Oficina de Gerencia y Presupuesto​.

A su vez, la detección de deficiencias y hallazgos producto de tales auditorías contribuye, no únicamente a que las agencias y municipios descubran y corrijan sus fallas, sino también a proveerle a la OATRH una especie de radiografía de los problemas, fortalezas y debilidades del Sistema de Recursos Humanos. Lo cual, le permitirá a la Oficina generar y dirigir esfuerzos en materia de emisión de normativas y directrices imperativas, asesoramiento, capacitación, adiestramiento u otro tipo de servicios, de manera responsiva, acertada y efectiva para una mejor administración y gerencia de personal a nivel de los organismos a quienes supervisa y sirve.​